Il Regolamento (UE) 2016/2031, che ha modificato il regime fitosanitario europeo, introduce una nuova classificazione degli organismi nocivi.
Esso prevede quattro categorie principali, al fine di una migliore definizione delle priorità delle azioni e delle misure da adottare.

Organismi da quarantena (QP): sono organismi nocivi la cui identità è stata accertata, che non sono presenti nel territorio, oppure, se presenti, non sono ampiamente diffusi e sono in grado di introdursi, di insediarsi e di diffondersi all'interno del territorio. Il loro ingresso determina un impatto economico, ambientale, sociale inaccettabile sul territorio in questione.

Fra gli Organismi da quarantena, il nuovo regolamento europeo distingue:

Organismi da quarantena rilevanti per la UE: sono organismi nocivi da quarantena, il cui territorio di riferimento è l’Unione europea. Possiedono lo status di organismi da quarantena soltanto all’interno della UE. Il Servizio Fitosanitario nazionale è tenuto a informare gli Operatori Professionali circa il rinvenimento di tali organismi. L'Allegato II del Regolamento (UE) 2019/2072 ne riporta l’elenco. Di particolare interesse la Parte B dell' Allegato II, che elenca gli organismi nocivi da quarantena di cui è nota la presenza nel territorio dell'Unione Europea
Organismi da quarantena rilevanti per la UE prioritari: si tratta di un gruppo di organismi nocivi da quarantena rilevanti per l'Unione, il cui potenziale impatto economico ambientale o sociale sul territorio dell'Unione è più grave rispetto ad altri. Qualora dovessero insediarsi in Europa potrebbero comportare considerevoli danni economici, sociali ed ecologici, pertanto, per tali organismi è previsto un rafforzamento delle misure di prevenzione, come, per esempio, l’intensificazione di indagini di sorveglianza e l’elaborazione di piani di emergenza e di piani di azione. 
Il Regolamento di esecuzione (UE) 2019/1702 riporta l’elenco dei 20 organismi nocivi da quarantena prioritari.
Organismi nocivi regolamentati non da quarantena (RNQP): si tratta di organismi nocivi ampiamente diffusi in UE e trasmessi prevalentemente da determinate piante da impianto. Vista la loro diffusione non rispondono (più) ai criteri di un organismo da quarantena ma, date le ripercussioni economiche che la loro comparsa potrebbe comportare, occorre adottare misure fitosanitarie a livello di materiale di moltiplicazione. Appartengono a questa categoria, in particolare, gli «organismi di qualità» noti nel settore della certificazione dei materiali di moltiplicazione, incluse le sementi.
Tali organismi, le rispettive piante da impianto e le soglie per la presenza di RNQP sulle rispettive piante da impianto sono inclusi nell’elenco che figura all’ Allegato IV del Regolamento di esecuzione (UE) 2019/2072. Nell’ Allegato V del medesimo regolamento sono elencate le misure volte a prevenirne la presenza.

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