La gestione delle emergenze fitosanitarie, insieme alle indagini sugli organismi nocivi in area indenne e alle segnalazioni da parte dei cittadini  costituisce un’attività fondamentale della sorveglianza fitosanitaria, finalizzata ad  evitare l’insediamento e la diffusione degli organismi nocivi alle piante.

Essa consiste nell’insieme delle misure e degli interventi diretti ad assicurare l’eradicazione o il contenimento degli organismi nocivi da quarantena e la riduzione del relativo impatto, anche mediante la realizzazione di interventi urgenti ed il ricorso a procedure semplificate, nonché la relativa attività di informazione alla popolazione; si attua nel caso di rinvenimento di un organismo nocivo per le piante, a seguito delle indagini svolte o di segnalazione da parte di cittadini od operatori professionali.

 Nel caso di rinvenimento di un ON sul territorio e prima ancora della conferma dell’identità dell’organismo da parte di un laboratorio accreditato, il Settore Fitosanitario rilascia immediate prescrizioni fitosanitarie al fine di prevenire ogni eventuale rischio di diffusione dell'organismo nocivo e, una volta ricevuta conferma ufficiale, il sistema di sorveglianza mette in atto una serie di misure fitosanitarie che partono con un'indagine specifica in loco.

La visita ispettiva nel sito di rinvenimento ha lo scopo di valutare attentamente le condizioni e le caratteristiche del luogo in relazione soprattutto alla possibilità di diffusione dell'organismo nocivo. Fondamentale è anche identificare i probabili punti di ingresso dell'ON per risalire alle cause che ne hanno determinato l'introduzione.

Il secondo passo è quello di istituire un'area delimitata con lo scopo di circoscrivere l'area in cui è presente l'organismo nocivo. Ogni area delimitata è composta da due zone adiacenti: la zona infestata e la zona cuscinetto.

La zona infestata rappresenta l'area in cui è stato rinvenuto l'organismo nocivo. All'interno della zona infestata vengono attuate tutte le misure necessarie a garantire l'eradicazione dell'ON, tra cui la distruzione o il trattamento delle specie vegetali ospiti presenti. Nel caso in cui gli sforzi volti all'eradicazione dell'ON non risultino efficaci, è possibile passare ad un regime di contenimento volto a limitarne la diffusione.

La zona cuscinetto è adiacente alla zona infestata e la circonda. In quest'area, che può avere un raggio variabile a seconda delle caratteristiche dell'ON, non è mai stata rinvenuta la presenza dell'ON. Qui vengono svolte indagini più serrate al fine di tenere monitorati i confini dell'infestazione. Nel caso in cui, nel corso dei sopralluoghi, venga rinvenuto l'ON in area cuscinetto, si provvede ad allargare i confini della zona infestata per farvi rientrare il nuovo sito di rinvenimento. Conseguentemente, anche la zona cuscinetto viene aggiornata ed allargata.

Tutte le misure messe in atto nell'area delimitata, che vanno dalla programmazione dei sopralluoghi da svolgere alle misure di eradicazione e contenimento, sono tutte descritte all'interno del Piano di Azione (PA). Questo documento ufficiale viene prodotto a livello regionale ed approvato a livello nazionale e definisce in maniera specifica mezzi messi a disposizione e tempi di applicazione delle misure previste per il contrasto alla diffusione dell'ON.

La gestione delle emergenze fitosanitarie è possibile grazie alla stretta collaborazione di diversi soggetti a livello regionale, nazionale e comunitario.