Le micotossine sono metaboliti secondari, tossici per gli animali superiori, prodotti da funghi che colonizzano i cereali e le derrate alimentari; sviluppo fungino e formazione di micotossine possono avvenire sia in campo sulla pianta sia in una qualunque delle successive fasi di conservazione e trasformazione della materia prima. Una volta prodotte, le micotossine possono persistere per lungo tempo dopo la crescita vegetativa e la morte del fungo stesso. Tra i cereali, il frumento duro, tenero e il mais risultano essere le specie che maggiormente presentano contaminazioni da micotossine, più o meno significative (in particolare aflatossine, deossinivalenolo, zearalenone, e fumonisine).

La diffusione delle diverse specie fungine e la sintesi di micotossine sono fondamentalmente legati alla complessa interazione tra ambiente, pratiche colturali e genotipo. L’andamento climatico delle aree di coltivazione rappresenta l’elemento maggiormente importante nella determinazione della contaminazione. A questo fattore seguono le pratiche agronomiche, che in annate climatiche non estreme rappresentano un efficace strumento di controllo dell’accumulo di micotossine nella granella: l’applicazione delle migliori tecniche di coltivazione è infatti in grado di creare le condizioni meno favorevoli allo sviluppo dei funghi, rendendo più difficile l’infezione fungina e la conseguente produzione di tossine. Il controllo dei fattori predisponenti la contaminazione nella fase di campo è ancor più importante se si considera che l’accumulo di questi metaboliti difficilmente si accresce nelle operazioni successive alla raccolta, qualora queste vengano effettuate in maniera attenta e corretta.